De nombreuses recherches ont été menées sur le microbiome humain, mais les microbiomes alimentaires ont été négligés. Jusqu’à présent.
Dans un nouvel article publié par la revue Cell, des chercheurs examinent plus en détail les microbes alimentaires. Les chercheurs ont séquencé les métagénomes alimentaires (le matériel génétique d’une communauté d’organismes au sein d’un échantillon) pour créer un « microbiome alimentaire » en examinant 2 533 échantillons provenant de 50 pays différents.
Les secrets de la bonne cuisine
L’étude a utilisé la métagénomique Shotgun. Cette technique permet de séquencer l’échantillon entier en une seule fois, sans nécessiter de culture. Les chercheurs ont pu gagner beaucoup de temps et en apprendre davantage sur les sujets.
L’étude comprenait des graines fermentées, du poisson fermenté et des produits animaux non fermentés.
Environ la moitié des 10 899 microbes associés aux aliments trouvés dans l’étude étaient inconnus. Les microbes ont été trouvés dans toutes les catégories d’aliments, mais en particulier dans le saumon fermenté. L’étude suggère que ceux-ci peuvent servir de sujet de recherche ultérieure.
Les chercheurs ont découvert une plus grande similitude dans les métagénomes entre des produits similaires. (Par exemple, il est plus probable que le métagénome d’une boisson fermentée soit similaire à celui d’un autre produit fermenté qu’à celui d’un aliment fermenté). La variété microbienne des aliments non fermentés était plus élevée que celle trouvée dans les aliments fermentés.
La plus grande variété de produits laitiers était probablement due à leur plus grande gamme. La majeure partie de la diversité des produits laitiers a été observée avec les fromages et les saumures.
Que pourrait-elle faire pour l’industrie alimentaire ?
Les fabricants de produits alimentaires pourraient identifier les microbes nocifs en acquérant une meilleure compréhension du microbiome alimentaire.
L’étude, par exemple, n’a pas trouvé beaucoup de microbes clairement pathogènes ou nocifs pour la santé humaine. Cependant, ils ont découvert une forte prévalence d’E.hormaechei (qui est associé à certaines infections). L’étude a également identifié certains microbes qui peuvent affecter négativement la saveur ou la conservation des aliments.
En fournissant une meilleure connaissance des microbes qui peuvent être trouvés dans quels produits, elle pourrait aider à maintenir l’identité géographique des aliments et à déterminer quels aliments devraient avoir des marqueurs géographiques. La métagénomique, a déclaré Nicola Segata, l’un des scientifiques, pourrait être utilisée pour vérifier l’origine géographique des produits.
Cette étude est importante car des recherches récentes suggèrent que nous pouvons manger des microbes qui font partie de notre microbiome. Cela signifie que les microbes présents dans les aliments que nous consommons sont d’une importance vitale pour notre santé.
Cette étude a montré que les microbes associés à la nourriture représentaient 56 % des microbiomes infantiles, mais seulement 3 % des microbiomes adultes. Segata a déclaré que ces 3 % ne sont pas insignifiants et pourraient avoir un impact sur le fonctionnement de nos microbiomes.
Les chercheurs ont découvert que le microbiome humain chevauchait davantage le microbiome alimentaire dans les populations occidentalisées que dans celles des cultures non occidentalisées (bien qu’ils aient admis que le biais d’échantillonnage pourrait être en jeu).
Provenant de : Cell
Diversité inexplorée des microbes issus des métagénomes alimentaires : liens vers le microbiome humain
Date de publication : 29 août 2024
Doi : https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.07.039
Auteurs : N. Carlino, A, Blanco-Miguez, M. Puncochar, C. Mengoni, F. Pinto, A. atti, P. Manghi F, Armanini, M, Avagliano, C. Barcenilla, S. Breselge, R. Cabrera-Rubio, I. Calvete-Torre, M. Coakley, JF Cobo-Diaz, F. De Filippis, H. Dey, J. Leech, ES Klaassens, S. Knobloch, D. O’Neil, NM Quijada, C. Sabater, S. Skirnisdottir, V. Valentino, , L Walsh, MAÎTRE Consortium européen, A. Alvarez-Ordonez, F. Asnicar, G. Fackelmann, V Heidrich, A. Margolles, V. Thor Marteinsson, O. Rota Stabelli, M. Wagner, D. Ercolini, PD Cotter, N. Segata, E. Pasolli
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