L’évidence de la dangerosité de certains pesticides pour la santé humaine devient de plus en plus solide, au point que l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) s’en inquiète. Une nouvelle preuve de leur dangerosité potentielle vient d’être mise en évidence par des chercheurs de l’Université de Cambrige, au Royaume-Uni : les pesticides, ainsi que d’autres produits chimiques couramment utilisés, peuvent perturber le microbiote intestinal humain. Leur découverte, présentée le 26 novembre 2025 dans la revue Nature Microbiology, pourrait expliquer en partie comment ces produits affectent notre santé.
Des pesticides qui se trompent de cible
Les chercheurs ont testé un millier de produits chimiques, dont principalement des pesticides, ainsi que des molécules utilisées dans l’industrie (comme les bisphénols), sur une vingtaine d’espèces bactériennes typiques du microbiote intestinal. La concentration étudiée (20 micromolaires, abrégés 20 μM) correspond à celle estimée dans le tube digestif d’une personne exposée à ces produits. Environ un produit chimique sur six entravait la croissance d’au moins une de ces bactéries. Les plus sensibles étant celles de l’ordre de Bacteroidales, notamment l’espèce Parabacteroides distasonis.
La majorité des produits nuisibles l’étaient seulement pour une poignée d’espèces bactériennes, mais certains d’entre eux avaient un large spectre d’action, entravant en même temps la croissance d’une dizaine d’espèces. Parmi ces molécules très nuisibles, on retrouve l’insecticide chlordécone et le bisphénol AF (utilisé par exemple dans des produits cosmétiques), entre autres. « Nous avons trouvé que beaucoup de produits chimiques conçus pour agir seulement sur une cible, par exemple des insectes ou des champignons, perturbent aussi les bactéries des intestins », résume dans un communiqué Indra Roux, autrice de l’étude.
Ces produits peuvent entraîner indirectement de l’antibiorésistance
Face à ces produits toxiques, les microbes tentent de se protéger… Ce qui pourrait empirer les choses. En effet, une analyse génétique approfondie a montré que certaines de ces bactéries affectées par les toxines essayent de s’en débarrasser. Pour cela, elles activent davantage des pompes qui servent à extraire de la cellule toute molécule nuisible. Or, ce même mécanisme est observé chez certaines espèces bactériennes pathogènes qui résistent aux antibiotiques : elles s’en débarrassent rapidement et atténuent ainsi leur effet. Il est donc possible que l’exposition à ces produits chimiques, qui favorise la sélection de mutations génétiques qui activent ces pompes, mène aussi à une résistance accrue contre les antibiotiques. C’était d’ailleurs le cas dans l’étude : l’exposition à deux produits chimiques (le tétrabromobisphénol A, abrégé TBBPA, un retardateur de flamme courant, et l’antiparasitaire closantel) générait une résistance à l’antibiotique ciprofloxacine, utilisé pour des infections sévères.
Une IA pour prédire leurs effets sur le microbiote
Pour mieux comprendre l’effet de ces produits chimiques sur le microbiote, les chercheurs ont entraîné une intelligence artificielle (IA) pour prédire cet impact. Pour cela, l’IA a été alimentée d’informations sur la structure des pesticides analysés, ainsi que d’un nombre de médicaments (dont on connaît la molécule cible), et des effets observés in vitro lors de la première partie de l’étude. En analysant seulement la structure de toute nouvelle molécule, l’IA parvenait à prédire sa toxicité avec une précision proche de 80 %. « Le vrai pouvoir de cette étude est d’avoir généré les données nécessaires pour pouvoir prédire l’effet de nouvelles molécules, ce qui nous aidera dans le futur à concevoir des produits chimiques plus sûrs », souligne avec optimisme Kiran Patil, directeur de l’étude. Une démarche qui s’avère urgente, vu la dangerosité de certains pesticides actuels.
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